يدير مكتب التعليم الطبي العالي (GME) في جامعة نيو مكسيكو 76 برنامجًا للإقامة والزمالة، و74 برنامجًا معتمدًا من قبل مجلس الاعتماد للتعليم الطبي العالي (ACGME)، وبرنامج واحد معتمد من قبل لجنة اعتماد طب الأسنان (CODA)، وبرنامج واحد معتمد من قبل لجنة اعتماد برامج تعليم الفيزياء الطبية (CAMPEP).
بعد التخرج من كلية الطب، يُمكن للأطباء المقيمين الالتحاق بأحد برامجنا الأساسية للتدريب الطبي. بعد إتمام البرنامج الأساسي، يختار العديد من الأطباء التخصص أكثر من خلال إحدى فرص الزمالة العديدة في التخصصات الفرعية التي نوفرها. يُشرف على كل برنامج من برامج التدريب الطبي العالي مدير برنامج مُختص، ويدعمه منسقو برامج وأعضاء هيئة تدريس ذوي خبرة.
نقاط الفخر