التسلسل السريع

في غضون أسبوع من اختبار مريض في مستشفى UNM إيجابيًا لـ COVID-19 ، قرر مختبر Domman ، الذي يتعامل مع تحليل تسلسل جينوم SARS-CoV-2 ، أن العينة كانت متغير Omicron.

قام Domman و Dinwiddie على الفور بإخطار وزارة الصحة في نيو مكسيكو (DOH). في اليوم التالي ، تمكنت وزارة الصحة من إصدار إعلان الخدمة العامة بأن شركة Omicron قد وصلت إلى الولاية وشجعت على اتخاذ احتياطات إضافية.

قال دينويدي: "لقد كان تحولًا سريعًا جدًا".

قال Dinwiddie ، الأستاذ المساعد في قسم طب الأطفال بجامعة UNM ، إن دراسة وتتبع SARS-CoV-2 ومتغيراته كانت مفيدة أيضًا في مراقبة فعالية اللقاحات.

قال دينويدي: "عندما نبدأ في رؤية انخفاض في حماية الأفراد الذين تم تلقيحهم عند ظهور سلالة جديدة من SARS-CoV-2 ، فهذا مؤشر على أن مناعتهم ربما تتضاءل". "يمكن استخدام ذلك من قبل مراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها وإدارة الغذاء والدواء لمعرفة ما إذا كانوا بحاجة إلى الموافقة على معزز آخر."

قبل الوباء ، درس دينويدي ، الأستاذ المساعد في قسم الطب الباطني ، فيروسات الجهاز التنفسي الأخرى باستخدام الاختبارات الجينية ، وكان تركيز دوممان على المراقبة الجينية للكوليرا على نطاق عالمي. قال دوممان إن مجالات خبرتهم متداخلة جيدًا عندما حان الوقت لتحويل تركيزهم إلى فيروس SARS-CoV-2 في أوائل عام 2020.

قال دوممان: "أعتقد أن لدينا مهارات تكميلية حقًا". "أعتقد أنه بالنسبة لكلينا ، كان انتقالًا سهلاً للغاية لتطبيق مهاراتنا على SARS-CoV-2 ، ولهذا السبب تمكنا من التمحور بسرعة كبيرة واستمرار الأمور."

قام الاثنان بتسلسل عينات إيجابية لـ SARS-CoV-2 من كل من مستشفى UNM والمستشفيات في جميع أنحاء نيو مكسيكو ، وكذلك من شركة اختبار تشخيصية كبيرة تسمى TriCore Reference Laboratories.

قال دينويدي: "لقد أعطانا هذا حقًا نظرة ثاقبة حول كيفية وصول الفيروس إلى الولاية ، ومن أين تأتي هذه العدوى". "ثم يمكننا تتبع تلك التي جاءت وأدت إلى انتشار المجتمع."

بينما تحسنت الولايات المتحدة بشكل كبير في عمل المباحث الجينومية في العامين الماضيين ، هناك شيء واحد أدى إلى إبطائها: اختبارات COVID-19 في المنزل.

بالطبع ، تفوق فوائد الاختبار في المنزل السلبيات ، لكن تلك العينات الإيجابية لا يتم إدخالها في نظام المراقبة.

قال دوممان: "هذا له تأثيرات دراماتيكية ليس فقط بالنسبة لنا ، ولكن بالنسبة لعدد الحالات". "فيما يتعلق بالوصول إلى العينات وفهم ما يتم تداوله في الدولة وعلى المستوى الإقليمي والوطني ، فهذه بالتأكيد مشكلة يجب علينا التغلب عليها."

لمكافحة هذه المشكلة ، قال دوممان إن جهودهم ، جنبًا إلى جنب مع TriCore و DOH ، تهدف نيومكسيكو إلى تسلسل ما لا يقل عن 5 ٪ من جميع الحالات الإيجابية في شهر معين.

قال "هذا خط أساس جيد جدًا". "في هذا المستوى ، سنلتقط بشكل عام المتغيرات والمتغيرات الفرعية التي يتم تداولها في جميع أنحاء الولاية."